Hakukoneet, kuten esim. Google tai Bing, indeksoivat vain pienen osan verkon sisällöstä, loput eli syväverkoksi kutsuttu osuus on hakukoneiden ulottumattomissa. Myös osa akateemisista aineistoista on hakukoneiden ulottumattomissa, sillä maksullisiin aineistoihin on pääsy rajattu erilaisten käyttöoikeuksien perusteella.
Hakukoneet ovat kaupallisia yrityksiä, jotka saavat tulonsa hakutulosten yhteydessä esitettävistä mainoksista ja niihin kohdistuvista klikkauksista sekä käyttäjistä keräämästään datasta.
Hakutuloksia personoidaan mm. kielen, sijainnin ja hakuhistorian perusteella, joten kaksi eri henkilöä voi saada hyvinkin erilaisen tuloksen samalla haulla. Välttääksesi yksilöidyn haun, tyhjennä selaimen välimuisti ja evästeet tai käytä yksityistä selainikkunaa (incognito).
Hakukoneiden antamat tulokset muuttuvat nopeasti, sillä sisällöt verkossa päivittyvät jatkuvasti ja hakurobottien kriteerit muuttuvat. Jos haluat varmistaa tietyn verkkosivun löytyvyyden, arkistoi se omalle koneelle.
Hakukoneet muokkaavat käyttäjän hakua aina jonkin verran käyttäjän sitä huomaamatta: samankaltaiset sanat tunnistetaan ja lisätään hakuun ja kirjoitusvirheiksi tulkitut sanat korjataan toiseen muotoon. Esimerkiksi Google tarjoaa mahdollisuutta kirjaimelliseen hakuun, joka laittaa automaattikorjaukset pois päältä: Työkalut > Kaikki tulokset > Kirjaimellinen.
Automaattiset hakualgoritmit määrittävät hakutulosten järjestyksen. Tuloksia järjestetään monimutkaisten, mm. sivujen suosituimmuuteen ja linkkien määrän perustuvien periaatteiden mukaan. Esimerkiksi Wikipedia nousee yleensä korkealle hakutuloksissa sen vuoksi, että sen artikkelit sisältävät paljon linkkejä ja niihin linkitetään paljon verkossa. Hakualgoritmeja testataan käyttäjillä ja hienosäädetään jatkuvasti, mikä osittain selittää samalla haulla saatavia eri tuloksia.
Vain pieni osa internetin sisällöistä on hakukoneiden ulottuvissa. Loput sisällöt ovat osa näkymätöntä verkkoa eli deep webiä, jonka sisältöjä hakukoneet eivät pääse indeksoimaan. Deep webin sisältöjä on mm. rekisteröitymistä vaativat palvelut, kuten akateemiset lisenssitietokannat.
Original photo: Uwe Kils 
